NK Croatia Bonn je osnovana 2001. godine u prostorijama Katoličke Misije Bonna uz pomoć Fra Ante Bilića i nekoliko motivirani momaka, koji su htjeli nositi šahovnicu na igralištu.
2002. godine NK Croatia Bonn je počela igrati u Bonnskoj Kreisligi D i do 2004. god. bez poraza unišla u Kreisligu B, gdje je igrala bez prekida do 2015. godine.
2020. godine nova Croatia Bonn (verzija 2.0) se vrača opet na teren Kreislige Bonna.